崇祯十年正月，李自成率军从凤翔渡渭河，在宝鸡击败明军，进至泾阳、三原，过天星、蝎子块皆来会。未几，陕抚孙传庭、总兵曹变蛟来攻，连战七日，自成军败。蝎子块降于明；过天星走河南；自成率其余十七部集渭南。五月十一日，自成避孙传庭和洪承畴的夹击，率师奔秦州。
崇祯十年（1637）五月十五日，清封明降将孔有德恭顺王，耿仲明怀顺王，尚可喜忠顺王。麻登云督催粮草使。
崇祯十年（1637）初，清太宗征朝鲜。朝鲜告急，明遣总兵陈洪范统舟师赴援。二月，明军始行，闻朝鲜降。四月初九日，清将孔有德、耿仲明、尚可喜等攻铁山皮岛。山东巡抚告急于朝。帝令洪范及总兵沈世魁坚守皮岛。世魁败于清军，与洪范退守石城岛。副将金日观统将及士卒与清兵激战七昼夜，力不支，皆战死，皮岛遂陷。
崇祯十年（1637）九月二十七日，李自成、过天星等围攻汉中府城（今南郑县）。会洪承畴来救，撤围向西南走。二十八日，闯将自成等攻克宁羌州（今陕西宁强县）。十月初二日，自成与过天星、混天王等九部分三路，分别由七盘关、阳平关、梨树口入川。初四日，自成等入关。初八日，破昭化。十二日，攻剑州。十四日，自成等又三分其军，分别往攻绵州（今绵阳）、盐亭、江油。十六日，自成等兵围成都，七日不下乃去，连下川中三十余州县。
崇祯十年（1637）春，熊文灿代王家祯总理陕、豫、晋、楚、川及南畿军务。当是时，杨嗣昌建四正、六隅之策，增兵饷大半，围剿农民军。文灿督主军务后，明军屡捷，农民起义陷入低潮。文灿决计采用剿抚兼施，以抚为主之策。刊檄遍悬通都之地，其文有「心示众家贼，待以不死」。帝闻之怒，但嗣昌曲为之解，文灿仍力主招抚。十月，文灿诱降张献忠部。十一月，罗汝才、一丈青、小秦王、一条龙、惠登相、王光恩等部农民军也就抚于熊文灿。
崇祯十年（1637）冬，时嗣昌主兵事，熊文灿为总理五省军务，剿抚兼施，以抚为主围剿农民军，同年九月底，李自成入川。初，嗣昌、文灿忧陕西农民军出关扰乱剿抚大局，并不以蜀事为忧。待到自成兵围成都，连克数十城后，崇祯帝大惧，急令总督洪承畴率军入援四川。十二月二十九日，洪承畴率副总兵官曹变蛟，由沔县历宁羌，过七盘、朝天两关，岁暮抵达广元。
崇祯十年（1637）十二月，总督宣大、山西兵部右侍郎兼右佥都御史卢象升秦陈边务：剿寇需兵，用兵需饷，此为学理。今日兵少而寇多，兵饥而寇饱，兵劳而寇佚，日复一日，年复一年，愈剿愈繁，生灵涂炭已甚。事至此不得不用权宜计。臣有阻寇、疑寇、饥寇之法。一、立寨团筑濠堑以阻寇。寇奔径道虽多，每州县远近必由之路，近山险则立寨，村落则聚团。寨必有泉可汲，并择其峻隘；团必大村镇，围深濠、布密箐，筑牛马墙。其近团路径，以荆棘树枝木石垒断，张毒弩于内，是为阻寇。一挑乡勇设游兵以疑寇。寇每股虽号数万，妇女老弱占其半，不过恃积强之势以拒军兵。拥众依山，伺我远近，悉我虚实，疲我师徒。当募勇敢乡民，有司时犒赏鼓励，使其父母妻子安置寨团或远僻他所，只留敢死百余辈，多则数百辈，各持棍斧长枪短刀，于高山深林侦寇来往，多则避之，少则阻击，夜则衔枚匍匐，或劫营，或窃马骡，是谓疑寇。一收资粮敛头畜以饥寇。寇依山为横，因食于民。官兵追逐，众寡劳佚饥饱之数相悬，岂能必胜，当令各有司单骑遍历乡村，凡近城三十里乡民，亟以粮谷赀财入城。三十里外，或运山寨，或入大村，聚团固守，牛、羊、马、骡、鸡畜等多收敛使无所掠。如资粮供寇，军法重治。是谓饥寇。崇祯帝是之，俱空言无补。
崇祯十一年（1638）正月初四，李自成等部闻洪承畴率军入川，齐聚川北。洪承畴檄川中诸道兵严守要害。农民军据险守川北，久粮乏，承畴以川师诱之，亲率陕兵设伏于梓潼。十三日，自成在梓潼被困，与承畴战不利，率余部走还陕西。
光泽铅山间的棋山有无为教徒活跃其间，密以烧香为记，崇祯十一年（1638）正月，十二日夜，无为教徒张普薇突围铅山县城，拥众横行，其党江义、周入等冲弋贵界。巡抚解学龙檄分守湖东道林日瑞推官吴铸合福建兵剿平之。并捣棋山，破散其党。
明廷由于连年用兵，财源匮乏，于崇祯十一年（1638）正月十四日，从工科给事中傅元初所请，开福建海禁，通商佐饷。
崇祯十一年（1638）三月，李自成率部从川入陕后，自洮州出番地，总督洪承畴令曹变蛟与贺人龙追歼。自成率军与曹军连日苦战，转战千里。番地人稀粮乏，农民军无以得食，力不支，战死饿死者众。自成洮州败后，率军复入塞，赴岷州及西和、礼县山中。曹变蛟追剿之，李自成等潜伏于山中不出。
崇祯十一年（1638）正月，张献忠部农民军在郧襄一带被左良玉、陈洪范等部击败。左良玉部将罗岱箭射献忠面额，良玉追及，刀拂献忠面。献忠军大败，损失颇重，辗转至谷城。时熊文灿为总理统明军，决计主抚，刊檄招降。是年春，献忠以重宝贿赂熊文灿及总兵陈洪范，又使人赴京师贿首辅薛国观。是年四月初八日，张献忠在谷城降于熊文灿。
崇祯十一年（1638）五月，刑部尚书刘之凤奏陈：天下囚徒皆五年一审录，而高墙内宗室罪犯，长期不予审讯，请对高墙罪同于天下四徒例。同月二十四日，崇祯帝允准，遂定高墙罪宗五年一审例。同时又令京师民殊死以下许保候即结。
崇祯十一年（1638）六月初二日，都城十余里内，觉地轴摇撼不已，若地震。不久，轰雷一声起天半，屋瓦碎裂，梁尘飞扬，西北隅白云滃郁，弥漫亘空，中夹苍黄黑子，旋转云际。历二时方散。乃京城西直门内安民厂火药爆炸。震毁城垣，方圆十数里无完宇，树木俱偃仆立槁。居人行人，互相枕藉，死皆焦黑。更有崩至城外数里，死藉地面。据查居民死伤万余，贴厂太监王甫、局官张之秀俱毙，武库几空，发五千金赈恤。
崇祯十一年（1638）九月二十二日，清军再次入寇。清军分二路进至墙子岭、青山口，明蓟、辽总督吴阿衡、总兵鲁宗文战败而死，中官郑希诏逃走。清军遂长驱直入，兵屯于牛栏山。时明宣、大总督卢象升丁忧，候代未行。帝乃诏督总兵杨国柱、王朴、虎大威诸军入卫。二十四日，京师戒严。
崇祯十一年（1638）九月，清兵入寇。崇祯帝召宣、大、山西三总兵入卫京师，又三赐卢象升尚方剑令督天下援兵。是年五月，象升丁外艰，上疏乞奔丧。帝不准，令席丧候代，进兵部尚书。象升身着麻衣，脚穿草履，头裹白巾，誓师于京郊。崇祯帝派中官高起潜为象升军监军。十月初四日，崇祯帝召见督师卢象升于武英殿，问方略。象升答：「臣主战。」时崇祯帝犹豫于战和之间，朝中重臣，杨嗣昌、高起潜、陈新甲都力主和议。初五日，帝发四万金犒军。初六日，又赐御马百匹、太仆马千匹、银铁鞭五百条。决策议战。
崇祯十一年（1638）冬十月，总督洪承畴大破自成于潼关南原。洮州兵败后，除自成亲统的六队，混天星、过天星等先后降明。承畴度自成必奔潼关，与孙传庭定计，设三伏于潼关南原，每五十里立一营，令总兵官曹变蛟追自成后。自成军至潼关南原，伏起，军溃，死伤无数。自成身受重伤，妻女、辎重俱失，仅与刘宗敏等七骑突围，匿于商、洛山中。
崇祯十一年（1638）四月，张献忠谷城受抚。罗汝才等部从宛、洛箕张而西，逼潼关。会陕抚孙传庭引军东出关。农民军联营数十里与传庭战，不胜，奔内乡、浙川而去。八月，罗汝才等自陕州攻襄阳。九月，罗汝才兵败双沟，率九营走均州。十一月，罗汝才叩太和宫提督中官，诡词求抚于熊文灿。文灿令房县知县郝景春单骑入其营，与汝才等歃血为盟，汝才乃率九营降于明。 崇祯十一年（1638）冬，清军在亲王多尔衮和贝勒岳托率领下分左右两翼破长城而入，大举攻明。清军连下迁安、丰润、会于能州河西，从北边绕明京师至涿州。然厉兵分八道，纵兵并进。明京师震动，督师卢象升率军于贾庄迎敌，兵败身死。清军乘胜长驱南下。所过产议会城镇皆被攻掠。明守城长吏、将校不是畏缩不前，就是望风先逃。清军在畿辅攻杀虏掠，连下四十三城，京畿残破。
崇祯十一年（1638）十二月，督师卢象升兵败钜鹿，身死。时高起潜拥关、宁重兵近在五十里外的鸡泽，不赴援。及闻象升败，起潜惊恐失措，欲西逃，竟率军东东二十里，遇敌伏军大溃，仅只身逃逸。自请督察军情的枢辅刘宇亮至保定闻败，也仓惶退入晋州，而清军即乘胜长驱直入，分陷昌平、宝坻、平谷等地，京师震动。二十日，崇祯帝下诏征总督洪承畴率军入卫。陕西巡抚孙传庭为兵部侍郎督援军同行。
崇祯十二年（1639）正月，清军由京畿南下攻入山东。时枢辅杨嗣昌以为德州是清军南下的必经之地，传檄令山东巡抚颜继祖率兵扼守。于是济南空虚，止有乡兵五百、莱州援兵七百，势弱而不能守。清军从畿辅而西，抵山西界，复折而南，绕开德州，下临清，渡会通河，直插济南城下。明军拒城守御死战。初二，城溃巷战死难者甚众。德王朱由枢、奉国将军朱恩赏等都城破被俘。
崇祯十二年（1639）正月十九日，总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭率军北上入卫京师。崇祯帝从枢辅杨嗣昌议，进洪承畴为兵部尚书兼右副都御史总督蓟、辽军务，孙传庭总督保定、山东、河北军务。
崇祯十二年（1639）二月，清亲王多尔衮率军饱掠后，从山东北返至天津卫，渡运河东归。三月初九，清军从青山口出关，退回辽东。是役，清军入关达半年，深入二千里，攻占一府、三州、五十五县，二关；杀明总督二、守备以上将吏百余人；俘获人口四十六万余、黄金四千余两、白银九十七万余两。中原人民所遭受的苦难和财产损失无可计量。
崇祯十二年（1639）三月二十六日，崇祯召淮扬道参议郑二阳于平台，询问练兵措饷之事。二阳答：臣初到扬州，各营设有官兵，向来相沿虚冒。臣刻意简练，有一额即求足一兵，随时操练。所以防寇二年，不请一兵一饷。崇祯帝说：此一方事。谓天下如何？二阳答：大抵额设之兵，原有额饷、但求实练堪用，则兵不虚冒。即核兵即足饷。若兵不实练，虽措饷亦无益。崇祯帝问练兵？二阳答：臣所见只以参将、游击以下官操练。崇祯帝问如何操练？二阳答：如参将、游击选千人，总选十百，责按兵法。崇祯帝又问措饷。二阳答：措饷，诸臣条陈已十分详尽，关键是得其人。如鼓铸得人，利归公害，否则在私室。崇祯帝问：近来各地灾伤乏饷，如何处置？二阳答：裁不急之官，亦可省费。如扬州有催饷主事，不如由巡按催办。崇祯帝说：催饷主事非为定例。二阳说：臣见残破州县，庆都、栾成，急宜下宽大之诏，收拾人心。崇祯帝纳其言。
崇祯十二年（1639）三月，清军回师。此役明军失陷城镇六十余处。帝命杨嗣昌议文武诸臣失事罪。五月初一日，杨嗣昌奏失事五事：曰守边失机；曰残破城邑；早失陷藩封；曰失亡主帅；曰拥兵观望。于是蓟镇总监中官郑希诏，分监中官孙茂霖，顺天巡抚陈祖苞，保定巡抚张其平，山东巡抚颜继祖，蓟镇总兵吴国俊、陈国威，山东巡抚倪宠，援剿总兵祖宽、李重镇，及他副将以下至州县有司，凡三十六人同论死。被贬削者为数更众。
川、陕农民军相继为明军剿平后，崇祯帝诏左良玉赴河南。左良玉率刚被授为副总兵的农民军降将闯塌天刘国能在镇平关大败马进忠部。马进忠崇祯十二年（1639）三月二十四日降于明。活动在河南的另一支农民军射塌天李万庆，也连被左良玉败于唐县、内乡。李万庆在明的诱招下，也于四月二十三日降于明。不久，李万庆也被授职副总兵。
崇祯十一年（1638）四月，张献忠受抚于谷城。张献忠在谷城表面上「跪拜有礼节」，实际上却训卒治甲杖，不放兵、不应调、不入见制府，「骄不奉法」。张献忠在谷城征粮、征税、扩兵，向文灿「要挟无厌」。谷城知县阮之钿度张献忠必反，以告文灿。文灿恶闻其语。之钿乃疏闻于朝，也不能用。崇祯十二年五月初九日，张献忠在谷城重举义旗。农民军杀谷城知县阮之钿，火焚官署，挥军攻房县。
崇祯十一年（1638）十一月，罗汝才等九营降于明。熊文灿分处罗汝才及一丈青、小秦王、一条龙四营于郧县；惠登相、王国宁、常德安、杨友贤、王光恩五营于均州，署汝才游击将军。令散其党从征立功。汝才言，不愿署官，也不愿食饷，愿为百姓。农民军不肯释甲，带刀耕耘。崇祯十二年五月初九日，张献忠复起自谷城，罗汝才也率四营起于房县。张献忠、罗汝才合兵攻克房县，杀县郝景春，又连下郧西、保康等地。不久，屯于均州的惠登相五营也反，农民军势重新大振。
崇祯十二年（1639）六月二十三日，明廷因东事愈重，乃决策抽练各镇精兵，复加征「练饷」。辅臣杨嗣昌定议：宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮、辽东、蓟镇，及保定、畿辅、山东、河北各镇兵由各总镇、巡抚、总兵分练，东西策应，闻警即至。于是有练饷之征。初增剿饷，期以一年而止。饷尽而乱未平，诏征其半。至是，督饷侍郎请全征。帝虑失信，嗣昌曰，无伤也，加赋出于土田，土田尽归有力家，百亩赠银三四钱、稍抑兼并耳。于是剿饷之处复增练饷七百三十万。合辽饷、剿饷、练饷共增赋一千六百七十万两，民不聊生，使起义军队伍更加扩大。
崇祯十二年五月，张献忠反于谷城。七月十七日，良玉率军追献忠，逾房县八十里，被张献忠设伏围困。左军远道奔袭，兵乏食，前锋将罗岱被俘，良玉大败奔还，军符印信尽失，弃军资千万余，士卒死者万人。
崇祯十二年（1639）秋，明军败。帝闻之大惊，八月二十七日，特旨命嗣昌督师，赐尚方剑，以便宜诛赏。九月初一，帝召嗣昌于平台。嗣昌言，臣朝受命夕起行。二月，赐白金百、赏功银四万，银牌千五百等。嗣昌条七条以献，悉准。四日，召见赐宴，越二日，嗣昌陛辞。二十九日，抵襄阳。十月初一日，嗣昌于襄阳大誓三军，进剿农民军。时明军诸将积骄玩，无斗志，嗣昌鞭副将、斩监军佥事、劾逮湖广巡抚方孔照，整饬军纪。
崇祯十二年（1639）冬十月，清军再次进攻宁远（今辽宁省兴城）。时宁远守将为都督同知金国凤，统军近万人。清军攻宁远，明将士胆怯。国凤愤，率亲丁数十人出据北山冈与清兵苦战，矢尽力竭，与二子及众亲丁皆战死。
崇祯十三年（1640年）。二月七日，总兵官左良玉，总督陕西三边侍郎郑崇俭等大败张献忠于太平县之玛瑙山。当时义军分为三路，西路张献忠据楚蜀界、东路革里眼、南路曹威、过天星等。
三月七日，崇祯帝下诏罢各镇内臣。告谕道：「各镇内员，察饬已久。兵马、钱粮、器械等项，稍有改观，但战守防援，事权未能尽一。遂将总监、分守等内臣俱撤回京另用，凡边务一切钱粮、兵马、边防、剿御等事，着督、府、镇、道一意肩承。
三月十四日，户科给事中左懋第疏陈四弊：民困、兵弱、臣工委顿、国计虚耗等。又请严禁将士剽掠、请散米钱，赈济饥民。崇祯帝采纳其言，诏令上灾七十五州县所旧练三并停，中灾六十八州县止征练饷，下灾二十八州县等到秋后征饷，并令清理刑狱。
四月十五日，崇祯帝告谕吏部臣：年来资格畛域，抑坏人才。考选屡奉旨举贡兼收，究竟不遵，非祖宗破格用人至意。就教贡士并试过岁贡生共二百六十三人，俱着于六部司属、都察院、通政司、太常寺各司属及推知正官通行察缺，依次填补。此系特用，后不为例。
五月十三日，苏、松、湖等府的吴江、归安等地昼夜倾盆大雨，水势骤发，霎时汹涌，不分堤岸，屋宇倾倒。而米价腾踊，斗米至银三四钱，富家多闭粜，民食草木根皮俱尽，抛妻子死者相枕。强横之徒三五成群，鼓噪就食，街坊罢市，乡村闭户人情汹汹。
五月十六日，崇祯帝告谕户部、都察院：直省告饥，而畿辅、山东、河南、山西、陕西，又有百姓茹土食菜，并无菜色，且剜肉爨骨，殣以泽量，言之堕泪。
六月二十九日，崇祯帝诏辑《武经七书大全》，命大学士范复粹为总裁，礼部右侍郎黄锦、少詹事李绍贤为副总裁，右赞善胡世安、修撰刘理顺、编修方拱干等为纂修官，开馆编辑。
七月，张献忠西走白羊山与罗汝才会合。此时曹威、过天星欲渡江，为明官兵所阻。张献忠至，与之会合。
七月十四日，罗汝才与明总兵孙应元等战于兴山之丰邑坪，被官军斩二千三百余级，俘五百余人。罗汝才率其众逸走巫山，与张献忠队伍会合。
七月十五日，临清副总兵黄胤思上《海运图》。
八月，杨嗣昌出师入蜀，其时监军万元吉先入蜀，令蜀将把守巴、巫等险要之地。
九月，李自成从郧、均进入河南。起初李自成被围于鱼腹山中（四川奉节县东），时义军中人多出降于官军，李自成欲自尽，为养子双喜劝止。李自成部下刘宗敏杀己妻对李自成说，要誓死从君。军中壮士闻之，也多杀妻子誓从李自成。李自成乃尽焚辎重，轻骑入河南。
九月六日，明军兵败于观音岩。当时万元吉驻守巫山，邵捷春驻于大昌，互相声援。
九月八日，汤若望将修好的旧琴连同另一件外国进献的乐器一起献给了崇祯皇帝。
十一月，杨嗣昌率军进重庆。监军万元吉擢前总兵猛如虎为正总统，张应元为副，率军趋绵州，分派诸将把守要害之处，元吉自小路至射洪，在蓬溪处以待义军。义军分驻安岳界，侦知官军至，乃退至内江，如虎追之，元吉、应元则在安岳城下扼守。
崇祯十三年，十二月，下诏增天下关税。崇祯初年，关税每两增一钱，崇文门、河西务、临清、九江、浒墅、扬州、北新、淮安八关，增五万两。不久，又增二钱。户部尚书毕自严，议」增南京宣课司税额一万为三万「，南京户部尚书郑三俊以」宣课所收落地税无几，请税芜湖以抵增数「，自严乃上疏议」税芜湖三万，而宣课仍增一万「。后乃以度支日绌，增加关税二十万两，而商人百姓日益穷困。
崇祯十四年（1641）正月，李自成攻克汝州。汝州（治今河南临汝）为义军往来之要道，山中又有土寇。知州钱祚征，招募壮士千人，夜半攻入其巢，土寇大败。遂令民千家立一大寨自保，土寇乃降。后李自成军攻汝州，祚征登城拒守，身中箭。月余，大风起，炮炸楼焚，城乃陷。
崇祯十四年（1641）二月初三日李自成攻开封。城坚厚五丈。义军以洞车掩护士兵挖穴，巡按高名衡婴城固守。周王恭枵拿出库金百万两，招募壮士杀敌，并做米饭以饷军。开封副将陈永福背城而战，杀义军二千，李仙风督将游击高谦驰救，又杀义军七百人。李自成军遂退走密县。开封解严。
崇祯十四年（1641）正月十五日，官军追张献忠至开县。杨嗣昌自率军队到云阳，其余诸将至开县黄陵城。总兵猛如虎、参将刘士杰迎战。刘士杰率军深入战阵，所向披靡。张献忠登高望见无秦人旗帜，而左良玉军无斗志。乃选壮士潜行于沟谷中，乘高大呼驰下。左良玉兵先溃，士杰及游击郭开、如虎子先捷皆战死，如虎突围出。
崇祯十四年（1641）二月初五日，张献忠攻克襄阳城。当时，杨嗣昌以襄阳为军府，饷金、甲器各数十万皆聚于城内。每门设副将防守。张献忠出川后，一日夜驰三百里，道上杀杨嗣昌使者，取其军符，以二十八骑进入襄阳城。夜半火起，居民望见火，以为满城皆贼，夺门出城，城溃。张献忠执襄王翊铭于南城楼曰：」吾欲借王头，使杨嗣昌以陷藩伏法。「襄王朱翊铭与贵阳王朱常法皆被杀。
崇祯十四年（1641）二月二十日，张献忠攻陷光州。张献忠攻破襄阳东下，与罗汝才兵入河南，攻商城。当时知县盛以恒，移任开封同知，将行。张献忠军至，乃与乡官杨所修等拒守。时天下雨雪，守城士兵冻馁不能战，以恒率众射杀义军十七人。后以恒受伤，被抓而死。
崇祯十四年（1641）三月，张献忠攻随州。知州徐世淳知道张献忠军必至，集士民誓以死守。张献忠攻城，徐世淳住于南城谯楼，日夜把守，援兵未至。守城月余，援尽力穷。张献忠乃佯攻南城，潜兵自北城攻入。世淳革马巷战，死于军，城遂破。
崇祯十四年李自成破洛阳，杀福王；张献忠破襄阳，杀襄王，礼部尚书兼东阁大学士，兼掌兵部事督师杨嗣昌惊悸，上疏请死。遂不食，于同年三月初一日服毒自杀，年五十四，赠太子太保。
崇祯十四年（1641）四月十九日，朝廷以总督三边侍郎丁启睿为兵部尚书、督师，节制陕西、河南、四川、湖广、江北诸军。启睿本不知兵，受重任不知所为。受命出潼关，将由承天赴荆州，湖广巡按汪承诏将船藏起，启睿至，五日不得渡。折而向邓州，州人闭门骂。过内乡，同样不得入。军队只得行荒山，吃马肉。启睿闻自成军围开封，有军队七十万，不敢去。张献忠在光山、固始间，兵少，乃与诸将相谋。诏檄左良玉，破张献忠军于麻城。开封告急，则曰：」我方有事于献忠，不及也。「
崇祯十四年（1641）六月，两畿、山东、河南、浙江、湖广一带，大旱，蝗虫起。当时山东等省连岁告灾，给事中左懋等督催漕运，道中驰疏言：」臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。「李青山遂率领民众起义，阻断漕运，明廷大震。
崇祯十四年（1641）四月至八月，吴江一带，大旱不雨，飞蝗蔽天。官令捕之，日益甚。米价每石银四两，流丐满道，多枕藉死。民间以糟粮腐渣为珍味，或食树屑榆皮。各处设厂施粥，吃者日数千万。
崇祯十四年（1641）五月，祖大寿已被清军困于锦州，七月总督洪承畴率军往救。二十八日宣府总兵杨国柱先至松山，陷于清军的埋伏中。清军四面呼降，国柱叹息曰：」此吾兄子昔年殉难处也，吾独为降将军乎！「奋力格杀，八月初二日中箭而死。
崇祯十四年（1641）七月，洪承畴为援锦州率马科、吴三桂等八大将，兵十三万驻松山。清皇太极闻之，于八月二十日亲率大军陈于松山杏山之间，横截大路。洪承畴惧，欲战则力不支，欲守而送粮之路已被截断。于是马科、吴三桂等相继逃走，诸镇兵皆溃。洪承畴所率兵十三万，先后失亡五万三千余人。锦州之围益急。而松山外援亦绝。
崇祯十四年（1641）八月，总兵左良玉于信阳击败张献忠。张献忠自玛瑙山之败后，屡破数郡，颇为得意。遂再攻信阳。被左良玉击败，降将数万。张献忠受伤，乘夜东奔。左良玉急追，会天下大雨，江溢路绝，张献忠逃走。将至英山又被左良玉副将王允成所击，所从者止余数十骑。张献忠遂投于李自成，李自成欲以其为部属，张献忠不从，在罗汝才的帮助下逃走。
崇祯十四年九月，傅宗龙率军驻于新蔡，与保定总督杨文岳会师讨李自成，将趋项城，李自成则伏精兵于林中起而击之，官军大败。后至陈州，宗龙挖堑筑垒以拒敌，守八日，矢石俱尽，夜半突围而走，九月十九日，被俘而死。赠太子太傅，谥忠壮。
崇祯十四年（1641）九月二十五日，李自成、罗汝才攻打叶县，副将刘国能守叶县。刘国能初为义军，与李自成、罗汝才结为兄弟，后归顺明官军，李自成等深为仇恨。力攻县城，城陷，国能被俘，遂被杀。
崇祯十四年（1641）十一月初四日，李自成攻南阳（河南南阳市）。时总兵猛如虎，从杨嗣昌下荆州，移驻南阳。猛如虎据城而守，杀敌数千，后食尽援绝，城被攻破，如虎与参议艾毓初、知县姚运熙俱死。又副总兵刘光祚自项城来，唐卫聿镆邀与共守，城陷，亦死之。
崇祯十四年（1641）十二月，崇祯帝敕内臣宫等监及各司局库等毋干外政。并戒谕廷臣：朝廷分职，原是宫府不同。臣子守官，岂容暗奸作弊。况析圭儋爵之义，宜无私交，而防微杜渐之闲，尤先近侍。无奈世风日降，士乞遂靡。虽奉公守法者固多，而行险侥幸者亦有。妩媚交欢，势权嫟就，为阿大夫之借誉，左右扫门，有路可通，无径而走，窥探泄漏，视为固然。以后内外大小诸臣，如再蹈前辙，宪典具在，朕不敢私。
崇祯十四年（1641）十二月二十七日，李自成乘胜再攻开封，连续攻陷其所属许州、禹州、陈留、通许、尉氏、洧川、鄢陵、临颍、长葛、新郑、汜水等十余城。李自成攻城，巡抚高名衡、总兵陈永福竭力抵抗，而永福射李自成中目，李自成遂撤围而去。
荷兰自天启三年（1623）起已占据台湾南之安平，次年即于此地修筑」热兰遮「、」赤嵌城「二要塞，浙次侵占台湾南部。天启六年又占据鸡笼（即基隆）。崇祯十四年（1641）荷兰与西班牙相互为争夺台湾发生战争，荷兰战胜西班牙，遂以胜者之师占据台湾。
崇祯十五年（1642）二月十八日，清军攻克松山。松山被清军围困已久，崇祯命顺天巡抚杨绳武督师救洪承畴，又派兵部侍郎范志完，皆敛兵不敢出战。副将焦埏赴援，刚出山海关即败。此时全城食尽。副将夏成德乃遣子至清军做人质，与清军相约攻城日期，己为内应。清军至期攻之，城破。巡抚邱民仰及总兵官曹变蛟、王廷臣等皆死。洪承畴、祖大寿被俘。后二人皆降清。
清皇太极出于内外形势需要，屡次遣使与明廷议和。兵部尚书陈新甲奏报崇祯帝，崇祯帝以松山之败，便令新甲密图。崇祯十五年（1642）四月，马绍愉受命前往。六月，马绍愉回京，清致书崇祯帝约以平等相交及岁币、疆界事，将议和条款密件送新甲。新甲赴朝，未收藏密件。家僮误以为塘报，付之抄传。于是科道交攻，道路哗然。崇祯帝为推卸责任，下新甲于狱。新甲不认罪，反自诩其功，崇祯帝遂斩新甲。议和事亦自此作罢。
崇祯十五年（1641）三月，张献忠攻克舒城。舒城无县令，参将孔廷训同编修胡守恒率民共守。后廷训降，乃教敌以车穴城，城穿数处，守恒督民补塞之。张献忠射书令其投降，守恒烧其书于城上。三日后，城陷，守恒被杀而死。
崇祯十五年（1642）四月，张献忠攻陷庐州，并陷无为、庐江、演水师于巢湖。孙应元既没，中官卢九德以总兵黄得功、刘良佐之兵击义军于峡山，再战败绩。得功退屯定远。江南大城。时凤督高斗光以失五城而被治罪，礼部侍郎王锡衮推荐马士英知兵，周延儒赞同，于是于六月起用马士英总督庐凤军务。
崇祯十五年（1642）四月二十九日，清兵攻克塔山。其时，兵部郎中马绍愉驻塔山等候朝廷议和之命，遣人谕清兵勿攻，清兵不听，遂攻克塔山城。城中兵民自焚，无一人降清。
崇祯十五年（1642）五月十九日，张献忠攻克庐州。张献忠攻克舒城后，从六安至庐州。知府郑履祥、通判赵兴基，经历郑元绶等人分门把守。时提学御史徐之垣到庐州会试士子。张献忠派人伪装成儒生，带儒冠以入。半夜纵火，城中大乱，城遂破。
崇祯十五年（1642）六月初三日夜半平陆地大震。震坏城垣民居，山崖崩裂。初四日，山西安邑（今运城东北）地震，从西北起，声如雷，官民庐舍俱倒。山西省临晋、垣曲、解州、沁源、阳城、壶关、夏县、垣曲；陕西省潼关卫；河南省河内、武陟、绳池、陕州、阌乡等州县，均受到波及。这次地震地跨三省数十州县，连震不已，初九日又震，十三日又震，以至数十日方止。震中烈度（Io）VIII，震级（M）为六级。
崇祯十五年（1642）七月初一日，开封告急，崇祯令左良玉赴援。左良玉及杨文岳、虎大威、杨德政、方国安四镇兵驻朱仙镇。左良玉见敌势盛，乃拔营而逃，襄阳诸军皆溃。左良玉军逃至半路又遇李自成伏军，左良玉军大乱，弃马骡万匹，监军佥事任栋死于阵，左良玉则逃至襄阳。寻以朱仙镇之败总督杨文岳免职，总督丁启睿逮下狱。
崇祯十五年（1642）七月十七日，崇祯帝告谕吏部：近来有司不修守备，贼至辄陷，原与冲锋阵亡及持久力诎之士不同。若概赠荫，保以奖励忠劳。今后宜详加分别。除异常义烈，恤典取自上裁。其失事损身，有司六七品赠监司五品，其五品赠临司四品，方简官赠京秩。着为令。
崇祯十五年（1642）八月十三日安庆兵变。其初，副总兵廖应登领三千人，汪正国、李自春各领千人，到处骚扰，黎民重怨。巡抚徐世荫新到任；又值刑科给事中光时亨疏伦廖应登宜正军法，邸报先到；于是兵遂发难，杀都指挥徐良寇。世荫急从南京赶到安庆，徙应登兵太湖，正国兵桐城，乱乃定。
崇祯十五年（1642）九月二十四日开封城被围半年，食尽。巡抚高名衡等仍固守。高名衡等议决朱家寨口河灌李自成军。李自成知之。移营高地，亦驱难民数万决黄河，河水自北门入贯东南门出，水声奔腾如雷。城中百万户，皆被淹。惟周王妃、世子及巡按以下，不及二万人得以逃脱。李自成军也被淹死万余人，遂拔营而走。开封佳丽甲中州，城初围时百万户，后饥疫死者十二三，至是尽没于水。
崇祯十五年（1642）九月二十四日，凤阳总兵黄得功驻军定远，张献忠率兵攻入桐城，挟持营将廖应登至城下诱降。得功与总兵刘良佐合击张献忠于鲍家岭，张献忠败，逃至潜山，得功追至潜山，擒斩义军闯世王、马武、三鹞子、王兴国。
崇祯十五年（1642）十月二十四日，开封失陷后，孙传庭军入河南，遂趋南阳，在南阳与李自成军战。李自成军兵败东走，遂追至郏县。李自成军弃甲仗军资于道，官军忙于拾取，军乱。李自成军乃乘机攻击，官军大败。
崇祯十五年（1642）十一月初一日，援汴总兵刘超据永城反。刘超初为四川遵义总兵，曾跟从川贵督抚讨伐义军，后被夺职，数次求官不得。李自成围开封时，刘超请招降土寇协助官军击李自成，遂任其为保定总兵。令其率兵赴援开封。超惧不敢行。同县人御史魏景琦家居见其与土寇相耒往，而不与李自成战，诬其为通贼。超怒，杀景琦一家而反。巡抚王汉扬言招抚刘超，而暗伏兵城下，独与诸将数骑入城，反被超所杀。明朝闻之，诏令凤督马士英、太监卢九德、总兵陈永福讨之。连战不克，乃筑长围困之。
崇祯十五年（1642）十一月初六日，清兵入蓟州，连破济南、山东州县。当时关内外并建二督，又设二督于昌平、保定。又有宁远、永平、顺天、保定、密云、天津六巡抚。宁远、山海、中协、西协、昌平、通州、天津、保定八总兵。星罗棋布，无地不防，而事权反不一。警报至，急征诸镇入援，清兵已破蓟州，分道南向。河间以南多失守。至山东，连破兖州等府。共攻克八十八城。鲁王朱以派自杀。乐陵、阳信、东原等诸王皆死。至次年四月才予北归，俘三十六万九千余人，获金一万二千二百余两，银二百二十万五千余两，牛马等五十五万余头，珍宝缎匹八万余。
崇祯十五年（1642）闰十一月十四日李自成率诸将，连营五百里，进攻汝宁。总兵虎大威中弹而死，城被攻破。前总督侍郎杨文岳、兵备佥事王世琮、知府付汝为等俱死。时河南郡邑残破，朝廷不再设官，百姓多结寨自保。各寨或降义军，成受朝命，又互相吞并。
崇祯十五年（1642）十二月初四日，李自成攻陷襄阳。左良玉自朱仙镇战败后，退驻襄阳。李自成乘胜攻左良玉，至白马渡。左良玉移营于南岸，守浅洲，李自成军十万争渡，左良玉乃拔营而逃，走武昌。李自成军渡过白马渡，遂长驱进至襄阳，襄阳官吏都已逃走，李自成军遂趋宜城。
崇祯十五年（1642）十二月初八日，清军攻兖州（山东兖州市）。兖州知府邓藩锡劝鲁王以派散积储以鼓士气，城犹可存，否则，大事一去，悔之晚矣。以派不听，清军到，各将分门死守，力不支，城破。鲁王自尽，乐陵、阳信等郡王都死。邓藩锡等战死。
崇祯十五年七月二十九日，兵部尚书陈新甲霞狱。九月二十二日斩于市。崇祯十五年督师丁启睿八月十八日，被逮下狱，后释归
崇祯十五年（1642）春，大旱，冬米每石四两，饿死载道，河中浮尸滚滚。城门巷口抛弃小儿百十为群，或有人引去，或视其僵死者，尽弃之丛冢，或聚而焚之，或掘坑埋之，盖不胜数。幸不死者，剥榆树皮为饼，糠皮为粥，一望村落，树皮剥尽，是数十年没有过的饥荒。
崇祯十五年（1642）归安大旱，飞蝗蔽天而下，民削树皮木屑杂糠秕食之，或掘山中白泥为食，名曰观音粉。含山左侧地名良村，强徒数百啸聚作乱，幸亏不日被扑灭，可是，瘟疫继至，但官府不但不蠲免钱粮，反而严刑催科。而苏州府吴县米价贵至每石银三两三钱，麦石二两二钱。民益艰食，流离窜徙，老稚抛弃道傍，城乡房舍半空倾倒，死尸枕藉。
崇祯十六年（1643）正月初二日，李自成攻陷承天（今湖北钟祥），总兵钱中选战死，巡抚宋一鹤自杀。李自成改承天为扬武州，崇王由樻改襄阳伯，邵陵王在铖改枣阳伯，保宁王纪（火己）改宣阳伯，肃宁王术（土受）改顺义伯。钦天监博士杨永裕降李自成，称天文、地理、礼乐、兵法俱该治，请发显陵。倏声起山谷若雷震而止。
崇祯十六年（1643）正月初二日，李自成攻陷承天（今湖北钟祥）后，臣僚劝李自成即皇帝位，牛金星以为时机尚不成熟，而李自成心动。于是李自成号」奉天倡义大元帅「，罗汝才号」代天抚民威德大将军「。谋以荆襄为根本，改襄阳为襄京，改承天府为扬武州。李自成兄子李过、妻弟高一功迭居左右，亲信用事。以田见秀、刘宗敏为权将军，李岩、贺锦、刘希尧为制将军，张鼐、党守素等为威武将军，谷可成、任维荣等为果毅将军，凡五营二十二将。又置上相、左辅、右弼。其下有吏、户、礼、兵、刑、工六政府；喻上猷为吏政府颠倒干坤郎，徐邱为郎中，顾君恩为从事；萧应坤为户政府侍郎，郭附龙为从事；杨永裕为礼政府侍郎；王家柱为兵政府郎中，傅朝升为从事；邓岩忠为刑政府郎中。孟长庚为荆州防御使，张虞机为荆州府尹，陈荩为扬武防御使，姚锡胤为安陆府尹，李之纲为襄阳防御使，朱铨为襄阳府尹，吴大雁为南阳防御使，刘苏为南阳府尹，黄阁为信阳防御史，金有章为汝宁防御使，邓琏为汝宁府尹，刘懋先为均平府尹。另任命一批州县官，地方政权亦随之建立。
崇祯十六年（1643）正月，李自成建立政权之后，即分兵据守防地，其初，李自成攻城掠地多不守，及渡汉江，长驱入荆，见无一兵，遂有据志。先据荆襄，次及承天、德安，渐及汝南，分设卫兵：通达卫制将军任荣光以兵六千守荆州，分二千守荆州；通达卫左威武将军兰养成以步兵八百守夷陵；通达卫右威武将军牛万才以骑兵六百、帅标都尉张礼以水兵六百，分守夷陵；帅标威武将军王文耀以兵六千守澧州；扬武卫果毅将军白旺以兵三千守安陆；都尉董云林以兵六百守荆门；帅标威武将军谢应龙以兵三千守汉川衣马家隔；左卫都尉马世泰以兵六百守显陵；襄阳卫左威武将军高一功、右威武将军冯雄各领兵二千；汝宁卫威武将军韩华美以兵八百守信阳；均平之果毅将军周凤梧以兵二千守禹州、郑州。
崇祯十六年（1643）正月二十五日张献忠攻打蕲州。荆王府将校郝承忠，暗通张献忠，为内应导其军攻城。知州许文岐开炮，打死许多义军。夜半，下大雪，张献忠攻破西门入城，文岐与指挥岳璧被俘死。
崇祯十六年（1643）三月初八日李自成杀罗汝才。初，李自成善攻，罗汝才善战，两人相须若左右手。李自成攻下宛、叶、梁、宋后，兵强众附，始有专制之心，忌罗汝才，乃召罗汝才亲信贺一龙，缚而杀之。清晨，又率二十骑将罗汝才斩于帐中，悉兼其众。
崇祯十六年（1643）三月，二十五日，张献忠自蕲州率军攻入黄州，同知朱统鎙御之，死于阵。黄州居民多弃家而逃。黄冈知县孙自一、县丞吴文燮、卫指挥郭以重俱死。克黄州周围各县。
崇祯十六年（1643）三月，左良玉军作乱。左良玉军多降兵叛卒，桀悍不驯。裨将王允成为乱首，拥兵十余万，自九江而下，破建德，劫池阳，泊舟于三山、荻港，尽夺民船以载兵。都御史李邦华草檄告左良玉，并用九江库银十五万两饷之，而身入其军慰劳，左良玉军稍安。
崇祯十六年（1643）四月初四日，清兵自山东还，将至京城。大学士吴甡方奉命驱流寇，延儒不得已，遂自请督师。崇祯喜，及清兵至怀柔，赵光合唐通、白广恩等八镇兵，与清兵战于螺山，皆败。延儒见清兵已还，乃上报，言清军已退，请下兵部议将吏功罪，遂归京师。
崇祯十六年（1643）五月初一日，张献忠陷汉阳，武昌大震。时武昌城中空虚。三十日张献忠攻陷武昌及旁近属邑后，乃于武昌立国。设五府六部，铸西王之宝。改武昌曰天授府，江夏曰上江县，据楚王宫，设尚书都督巡抚等官。开科取士，下令发楚邸金，赈济饥民。蕲黄等二十一州全部归附张献忠。
崇祯十六年（1643）六月十五日，明廷立赏格：购李自成万金，爵通候；购张献忠五千金，官极品。仍世袭锦衣卫指挥使，余各有差。
崇祯十六年（1643）八月初五日，张献忠陷岳州（湖南岳阳）。承天巡抚王扬基，闻张献忠将至，率军千人由岳州至长沙，后为推官蔡道宪所请，乃请岳州，及张献忠入蒲圻，扬基又逃。湖广巡抚王聚奎，惧敌，徙长沙。张献忠至岳州，沅抚李干德、总兵孔希贵与之战于城陵矶，战败。张献忠又于二十四日破长沙，二十八日破衡州。吉王、惠王、桂王俱奔永州，巡按刘熙祚命中军护三王入广西，身入永州守城，九月十九日，城陷被杀。
皇太极（1592－1643），努尔哈赤第八子、天启六年后金天命十一年（1626）九月继位称汗，改明年为天聪元年。先后稳定内部，出掠城池，统一女真、蒙古各部，占据朝鲜。创建大清，制定各种政治制度。对明和战并举，势力不断扩大。崇祯十六年清崇德八年（1643）八月初九日卒，在位十八年。庙号太宗。子福临即位，多尔衮、济尔哈朗辅政。
崇祯十六年（1643）十月初三日，李自成进攻潼关。时孙传庭退保潼关。李自成军攻潼关，白广恩力战。高杰因宝丰之败，广恩先走不救，乃拥军不顾。广恩战败。李自成军破潼关。文恩奔至固原，高杰逃至延安。孙传庭登城固守，李自成军从山后绕至城前而战，城陷，孙传庭战死。
崇祯十六年（1643）十一月初四日，李自成攻克延安，延安副总兵解文英、县丞姚启崇死。李自成改延安府曰天保府，米脂曰天保县，清涧曰天波府。既而，二十九月，李自成又攻克榆林。此时榆林无主帅，总兵王定从孙传庭出关，大败而旭，见李自成军来，乃率部逃走，众人乃推尤世威为主帅。尤世威与李自成军苦战七昼夜，城破。
崇祯十六年（1643）十月，李自成军自商、华逼进西安。巡抚冯师孔率军守城。主城守者王根子，与李自成军通，射书于城下，开东门迎李自成军。十二日，城陷。李自成以秦王存枢为权将军，永寿王存桑为制将军。布政史陆之祺、里居吏部郎中宋企郊、提学佥事巩焴等俱降。李自成改西安曰长安，称西京。发动民从修长安城，开驰道。并亲赴教场校射，明将白广恩、高汝利、左光先、梁甫、陈永福等皆降。
崇祯十六年（1643）十月二十日，李自成改西安府曰长安，禁乡民短后衣，明年粮每石征一两三钱，今冬每石折草六千斤，输长安。各县遣骡三百，征粟千石，大其斗，榜掠巨室助饷。
崇祯十六年（1643）十一月十四日，李自成遣试郡县诸生，上等任六政府从事，次任守令，又次任佐贰。
崇祯十六年（1643）十一月，李自成攻克西安后，据西安，分兵四出。宁夏镇兵迎战，杀李自成军数千，李自成军退。平凉闻李自成军至，韩王遂奔庆阳，官吏皆逃。李自成军至平凉城下，不战而克。李自成军复攻宁夏，总兵官官抚民以城降。李自成军乃进逼庆阳。参议殷复兴集士兵守城久之，力不支，城破战死。
崇祯十六年十二月初二日，张献忠攻克建昌，初七日又攻陷抚州。张献忠攻克吉安、建昌后，广东、南韶各属城官兵皆逃。副使王孙兰请救不应，连城守将先据城叛，后愤而自尽。兵部侍郎吕大器，代候恂为总督，无兵不能救援。左良玉与吕大器不合，亦不援。抚州遂克。
崇祯十六年（1643）十二月，李自成派遣前锋渡过黄河，进入山西，二十一日，攻陷平阳，杀西河王等三百余人，平阳总兵陈尚智降。于是山西州县先后溃，或望风请降，秦、晋之间皆被义军所占有。李自成军进逼甘州。巡抚佥都御史林日瑞，闻李自成军将至，急结西羌军，严兵以待，而自率副将郭天吉等扼守诸河沿岸。时逢冬季，李自成军过河，直抵甘州城下。乘夜攻城，林日瑞等死，二十六日遂克其城。
崇祯十六年（1643）十二月二十三日，李自成驰檄山西郡县说：倡义提营首总将军，为奉命征讨事。自古帝王兴废，兆于民心。嗟尔明朝，大数已终。严刑重敛，民不堪命。诞我圣主，体仁好生，义旗一举，海宇归心。渡河南而削平豫、楚，入关西而席卷三秦。安官抚民，设将防边，大业已定。只有晋、燕，久困汤火，不忍坐视。特遣本首于本月二十日自长安领大兵五十万，分路进征为前锋。我主亲提兵百万于后，所过丝毫无犯。为先牌谕文武官等，刻时度势，献城纳印，早图爵禄。如执迷相拒，许尔绅民缚献，不惟倍赏，且保各处生灵。如官兵共抗，兵至城破，玉石不分，悔之何及！
崇祯十六年（1643）十二月二十四日，东阳诸生许都起事。许都，原左都御史许弘纲之孙。有声庠序，任侠喜交游。知县姚孙榘贪虐，借名备乱，横派各户输金，坐许都万金。许都，实中产，勉输数百，自诣告谒。孙榘大怒，摘许都所刊社稿名氏谓造逆反，治以酷刑。时输金者盈庭，然不平，有姚生执孙榘于座，笞打。群拥许都为主起事。巡按御史左光先闻变，调兵行剿。官兵所至屠掠。东阳兰溪人各保乡寨拒敌，官兵大败。绍兴推官陈子龙谓许都不当反，遣诸生蒋若来赍书往谕。
崇祯十七年（1644）初，当李自成率领的大顺农民军向京师进军时，张献忠率领的大西农民军在四川和明军进行着殊死的战斗，八月前后攻占了成都，接着派兵攻取四处州县，所至皆克，降遵义和两处土司未下外，据有全蜀。十一月十六日，张献忠在成都建国称帝，国号大西，建元大顺，改成都为西京。他还采用了明初官制，任命左右丞相；设内阁六部，任命六尚书；封养子孙可望、李定国、刘文秀、艾能四人为王；立军都督府以统率全军，等等。大西政权建立后，立即遭到了明军和地主武装的围剿。顺治三年（1647）七月，张献忠被迫放弃成都，退守西充县。不料，这时清肃亲王豪格正率军进攻四川。十一月二十七日，清军由叛变的大西军将领刘进忠引路，突然袭击西充凤凰山张献忠营地。张献忠率马步军迎敌，打死了许多清将，一度包围了清军。不久，清援军至，大破张献忠军，反败为胜。张献忠在混战中牺牲。此后，孙可望、李定国等人也采取了联明抗清的策略。
崇祯十七年（1644）三月，大顺军会师北京城下。十七日，李自成亲自指挥大军环攻九门。十八日，大顺军将士架飞梯奋力攻城，越墙而入，攻占外城。与此同时，明太监曹化淳献彰义门投降。崇祯帝朱由检听到城破，立即命其三个儿子更衣出逃，逼周皇后自缢，剑砍长女乐安公主手臂，又杀妃嫔数人，然后换上便服，携太监王承恩等数十人，出东华门，企图出逃，没成功，又返回宫内。十九日清晨，李自成军攻破内城。崇祯亲自响钟召集百官，竟无一人响应，崇祯见大势已去，便与太监王承恩入内苑，对缢于煤山（今景山）寿皇亭树下，明朝至此宣告灭亡。
史可法，顺天大兴（今北京大兴县）人，明南京兵部尚书，参赞机务，控制着陪都、江南和淮扬地区。崇祉十七年（1644）二月，他曾受崇祯帝命，以督师名义出兵」勤王「。四月十一日，史可法传令江南各镇兵入援，誓师勤王。二十二日听到京师已被农民军攻破，北向痛哭，发丧，誓师浦口，欲长驱入京，与农民军决一死战。南京的群僚诸将因兵力不足，不敢与农民军对抗，纷纷请史可法择新君以定南都。于是，史可法只得回到了南京。
崇祉十七年（1644）四月初九日，多尔衮统率大军，出师中原。先是，四月初七日清廷以多尔衮将出师中原，祭告太祖、太宗。祭文说，经过去年八月和今年二月的两次战斗，山海关外地区尽为清廷所有，完成了太祖努尔哈赤的夙志，现特命多尔衮率军伐明。初八日，顺治亲自召见多尔衮，特授给奉命大将军印，掌管军中一切赏罚大事，并要诸王、贝勒、贝子、公、大臣等听从指挥，同心协力，以图进取。初九日，多尔衮同多罗豫郡王多铎、多罗武英郡王阿济格、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥等，以及八旗固山额真、梅勒章京至堂子奏乐行礼，又陈列八纛向天行礼。然后，统领满洲、蒙古兵及汉军兵总计约十四万人，鸣炮起行，讨伐明朝。
李自成占领北京后，虽然明朝灭亡了，但是距离北京不远的山海关，还驻扎明宁远总兵、平西伯吴三桂率领的精锐兵力，直接威胁着北京的安全。因此，李自成准备的招抚吴三桂后登极为帝，然后派大军南下以完成一统大业。后来，由于吴三桂一再拒抚转为公开对抗，李自成决定东征，以铲除吴三桂的势力。崇祉十七年（1644）四月十三日，他率军由北京出发，二十一日到达山海关。这样缓慢的行军速度贻误了战机。四月二十一、二日，农民军和吴军展开了激战，由于清军猝然从阵中冲出，农民军措手不及，吃了败仗。李自成率骑兵数千急忙退至永平（今河北卢龙县），各首领和散失的农民军也乘夜回到了永平。二十四日，清军和吴三桂军追至永平。李自成因农民军日夜战斗，疲乏已极，无法再战，挥军阻击了一阵之后，放弃了永平，二十七日率军回到了北京。至此，东征失败了。
吴三桂，辽东籍，武举出身，崇祯十二年（1639）底任明辽东总兵官，在辽东专擅一方。（1644）三月被明廷封为平西伯。三月初六日，明廷鉴于李自成农民军向京畿地区胜利进军、北京局势十分危急的情况，令吴三桂入援京师。吴三桂接到命令后，虽兵发京师，但行师迟缓，十四日抵丰润（今河北丰润县）时闻京师失陷，即返师山海关。不久，他接到李自成的劝降信，心中犹疑未决：他一方面因缺乏粮饷，兵力也不足，不足以和农民军对抗；另一方面因在辽东拥有大量田庄和财产，担心投降农民军会丧失自己拥有的势力和地位。当他权衡再三，决定自率精锐赴北京投降时，得知爱妾陈圆圆被农民军将领刘宗敏霸占的消息，便以此为由与农民军公开作对。二十七日，吴三桂看到农民军大举进攻山海关的迹象日益明显，派副将杨坤等携书信向清摄政王多尔衮」乞师「，书中要求与清合师抵北京，」灭流寇于宫廷「，并给其土地、财帛作为酬答。多尔衮接信后，立即复信说清军南下的目的要代明统治中国，如果吴三桂降清，必封以故土，晋为藩王。吴三桂在收得复信时，农民军的大队人马已逼近山海关，此时已无讨价还价的余地了，立即表示降清。吴三桂降清，为清廷打开了逐鹿中原的厦门，为其最后夺取全国铺平了道路。
山海关之战后，李自成败归北京。崇祉十七年（1644）四月二十七日，他从德胜门入东华门，原明廷一些官吏上表劝进，大将刘宗敏也说：」若不正大位，即求还关中，不可得也「。李自成决定从速登基。二十九日上等，他在明皇宫武英殿内即皇帝位，接受群臣的朝贺。定国号大顺，建元永昌，追尊七代祖妣为帝后，立妻高氏为皇后。但这个匆忙的即位仪式实质上也是一个告别仪式。因为当时北京城内严重缺粮，明朝残余势力待机而动，城外又没有援兵，加之清兵和吴三桂军正在穷追不舍，于是李自成决定暂留几千农民军守城外，其他束装待发。次日五更，他率领农民军出了阜城门，奔驰在回陕西的路上，永远地离开了北京这座宏伟壮丽的古都。李自成离京后，北京又回到了明朝官僚地主手中。两天后五月初二日，摄政王多尔衮在数万名清兵的簇拥下进入北京，并居武英殿称制，开始了清廷对北京的统治。
李自成率领农民军离开北京、返回陕西时，曾携带明崇祯太子同行。刚出北京，即遭到吴三桂的袭击，太子走失。于是，京师内外流传吴三桂拥太子入都的谣言。崇祉十七年（1644）五月二日，原明官吏立崇祯牌位于午门哭临，并忙备车驾仪仗出朝阳门迎接太子。不久，有数万骑兵到来，臣民仰视，却是清摄政王多尔衮。正在惊愕间，清兵已大队入城。次日，故明官吏决定改换门庭，上表劝进多尔衮为帝。劝进表虽成废纸，但多尔衮看到明官吏肯忠顺清朝，于是着意笼络和留用明朝大小官僚。他采取的主要措施有：按帝礼为崇祯发丧，谥崇祯为怀安端皇帝；地方官吏归顺者晋级，抗拒者予以严惩；明宗室来归者，不夺王爵，继续享有特权；安抚百姓，废除明末三饷加派；继续镇压农民军，派平西王吴三桂、英亲王阿济格、豫亲王多铎率兵兼程追剿李自成、张献忠领导的农民军。这就使刚入关的清统治者很快取得了京畿一带官僚、地主的支持，北京的形势也得到了初步的稳定。
多尔衮入据北京后，认识到要维护满族贵州的统治，除了笼络、控制和利用汉族地主阶级外，就必须充分依靠八旗武装作为统治工具。为此，他把南城作为民居，尽圈东、西、北、中城为八旗营地，并使八旗按方位分讯驻守，以环拱紫禁城池。各旗在京城驻守的范围如下：左翼－镶黄旗在安定内门，正白旗在东直门内，镶白旗在朝阳门内，正蓝旗在崇文门内；右翼－正黄旗在德胜门内，正红旗在西直门内，镶红旗在阜城门内，镶蓝旗在宣武门内。
崇祯十七年（1644），清廷定都北京后，设立了步军统领（或称九门提督），以统辖满、蒙、汉八旗步军营及九门官兵，同时兼管巡捕二营（南北二营）事务。顺治十六年，清廷又添设巡捕中营，隶步军统领麾下。至此，步军统领的全称为」提督九门步军巡捕三营统领。「
崇祉十七年（1644）五月初三日，摄政王多尔衮在给故明内外官民的谕旨中下令：」凡投诚官吏军民皆着剃发「，是为剃发令。汉人的习俗，原本是将头发束在头顶；而满人的习俗，则是在头发中间编成发辫，垂于脑后，周围剃去。强制汉人剃发，改变民族习俗，实质是要在精上征服汉人，自然引起了汉族人民的强烈反对。二十四日，多尔衮鉴于清统治尚未稳固，宣布收回成命，允许汉人照旧束发。顺治二年（1645）六月十五日，清廷在消灭了南明福王政权之后，认为自己的统治已经稳固，再次颁布剃发令。宣布自布告发出后，京城内外军民限十日内剃发，各省军民自部文到日起也限十日内剃发。剃发令措词极其严厉：」遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇，必置重罪。「但是，这不仅没有吓倒大江南北的汉民，反而激发了他们的反抗情绪。广大农民、工商业者，有气节的士大夫和中小地主、总分官僚豪绅，都坚决反对剃发。此后，随着清军的逐步深入，江南各地更展开了轰轰烈烈的反剃发斗争。
崇祯十七年（1644）四五月，当崇祯帝自杀、明朝灭亡，以及清兵入据燕京的消息传到南京时，陪都南京陷入了一片混乱之中。明在南京的地主、官僚和军阀为了逃避彻底覆亡的命运，议立新君。以马士英为首的实力派以武力相威胁，拥立明宗之孙、福王朱由崧。五月初三日，福王监国于南京，南朝政权由此建立。五月初五日，福王政权以马士英、史可法等为东阁大学士，分江北为四镇，由总兵刘泽清、高杰、刘良佐和靖南伯南得功分别驻守淮安、泗州（今安徽泗县）、临淮（今安徽凤阳临淮关）、庐州（今安徽合肥），以屏障南京，防范农民军的进攻。
崇祯十七年（1644），清兵定都北京后，满族贵族统治集团强制推行圈地、缉逃人、剃发、屠城等民族奴役、民族压迫的措施，激起了汉族各阶层人士一场持续的、广泛的、有组织的民族抵抗运动。其中，一部分明朝遗民和其他地主阶级及其知识分子标榜」君亲之尊「、」华夏之防「，打着恢复」大明江山「的旗号，披发跣足，奔走呼号，掀起了重要波澜。这就是清初历史上著名的复明运动。随着反清斗争的深入，复明运动的目的有很大不同：一部分地主、官僚哭祭崇祯，声称要相随高皇（明太祖），恢复朱明皇的统治；另一部分地主缙绅、士大夫不是一般地倡言封建纲常、死心塌地忠于一家一姓、眷恋明朝统治，而是首先在于反对满族贵族统治集团的民族奴役和民族压迫措施，恢复汉族地主的统治。
崇祯十七年（1644）六月十一日，摄政王多尔衮与诸王、贝勒、大臣等定议，应建都燕京，派遣辅国公吞齐喀等携奏章迎驾。七月初八日，顺治帝在告上帝文中宣布：接受多尔衮的奏请，」迁都定鼎，作京于燕「。八月二十日，顺治车驾自盛京启行，九月十九日至京师，自正阳门入宫。
崇祯十七年（1644）五月，江南金坛」削鼻班「参加抗清斗争。明代，江南的地主豪绅称其家内奴仆为」鼻头「，任意驱使，横加挞罚。明末，随着阶级矛盾的尖锐化，这些家内奴仆也起而反抗地主豪绅。他们为了洗刷」鼻头「的侮辱，自称为」削鼻州「。清军南下后，」削鼻班「也加入到轰轰烈烈的反清斗争洪流中。金坛彭氏奴仆，」削鼻班「首领潘茂、潘珍自称主帅，聚集数万人，于顺治元年五月攻下金坛县城，接着又进攻附近州县，屡败清军，扰得清统治者不得安宁。次年，清昂邦章京哈哈木亲统大军前来围剿，由于原明锦衣指挥、金坛县人史顺震的告密，清军采用突然袭击的战术，捕获了潘茂、潘珍，并将他们解往南京处死。
崇祯十七年（1644）七月初十日，金声、江天一在安徽绩溪起兵抗清。金声，字正希，安徽休宁人。崇祯曾封他为翰林院修撰。福王监国时，他被封为左佥都御史，但因与马士英有矛盾而未到任，与门人江天一在家乡日夜操练乡勇，准备抗清。七月初十日，金声率绅衿士民哭于明太祖朱元璋像前，举起了反清大旗。之后，他听从江天一的建议，在绩溪筑起了丛山关，屯军其中，并号召各地起义。不久，一些回到原籍的明朝官吏，如山东御史、宁国人丘祖德，职方郎中、泾县人尹民兴，徽州推官温璜、池州人吴应箕等纷起响应，很快攻克了宁国、泾县、旌德。八月，清兵三路来攻，但金声等毫不畏惧，采取声东击西，乘间出击的战术，杀伤众多清兵。双方相持累月，终于寡不敌众，旌德、宁国、泾县先后落入清军之手。十月初九日，降将黄澍诈称援兵，骗取了金声的信任。次日，清兵里应外合，攻陷绩溪。金声、江一声被俘后，威武不屈，从容就死。
多尔衮入据京师后，京南的真定（今河北正定县）、保定、内黄、大名、冀州（今河北冀县）等地燃遍了抗清的烽火，到处树起抗清义帜。其中，保定香炉寨农民钱子亮、钱楼，乔家寨农民赵建英，宁晋泊农民韩国壁等，号称大王、都司；内黄农民苏自兴联络李自成部将王鼎铉，各称总督、大元帅。他们纷纷据险要为基地，起兵抗清，声势浩大。有的还联络山东、河南义军，有的潜入北京，散布流言，诸如当年八月中秋，清军要屠城，杀掉老、壮，仅留青年和小孩；」满州的头子们马上要滚回老家了「等等，搅得人心惶惶，统治者也张皇失措，手忙脚乱。顺治元年七月二十七日，清廷以降将沈文奎为右副都御史，巡抚保定。他一到任，各州县告急文书纷沓而至。沈文奎」拮据宵旦，多方调遣「，首先招降了真定义军首领赵崇阳，通过赵崇阳捕斩了韩国壁；接着令总兵王燝带兵围剿各路义军，先后擒杀了钱子亮、赵建英、苏自兴等。至该年底，畿南农民军基本上被清廷镇压。
清兵入关以后，统治者为了维护满族贵族的特权地位，增加奴仆的数量，实行了逼民」投充「的政策，准许各旗招收失去生计的贫民，以供」役使之用「。后来因遭到人民的反对，摄政王多尔衮在顺治元年（1644）七月十七日下令：凡能自赡的新附军民，不准投充为奴。但这一纸禁令不能解决任何问题，在满族贵族的逼迫下，发展到」不论贫富，相率投率「的地步。许多人因害怕土地被圈，或因逃避赋役，携带土地投充旗下；还有的将他姓地土认为己业带投旗下，造成一人投充而一家皆冒为旗下，府县无册可查，真假莫辨，政府控制的人户大为减少。此后，清廷又数次下令，重申禁止投充，但直至康熙初年，」投充「事件仍时有发生。
顺治入关定都北京后，即设立了内务府，以管理宫禁事务。顺治十一年（1654）裁撤，顺治十八年康熙即帝位后又重新恢复。内务府衙门当时分」内务府堂「（简称」堂上「，又称」本府「）及所属」七司「、」二院「等，总机关称」总管内务府衙门「。其最高官员为」总管内务府「。所属」七司「是：御用监，系为内务府掌管府藏及出纳总汇的机构；尚膳监，掌内务府所属武职官的铨选、任用及围猎、捕鱼之事，顺治十八年改为采捕衙门；钟鼓司，掌内廷礼乐并考核太监品级，顺治十三年改为礼仪监，顺治十七年又易名为礼仪院；内官监，管理内务府帑项出纳及庄园地亩之事，顺治十七年易名为宣徽院；借薪司，掌宫廷缮修工程事务，顺治十八年易名为内工部；三旗牛羊群牧处，掌牛羊畜牧事务；尚方司，掌审拟上三旗的刑名案件，顺治十一年设，十二年改为尚方院。所属」二院「是：御马，掌掌」御用「马匹，顺治十八年易名为」阿敦衙门「（阿敦系满语，意为马群）；鞍楼，是制备兵具、器械的机构，顺治十一年易名为兵仗局，顺治十八年又改为武备院。
顺治初年，清兵为解决军费的不足和财政困难，实行捐纳。允许士子」纳粟入监「，但是不能得官。后来放宽一步，允许被革职的官员纳粮，以恢复原来的官职。
顺治元年（1644）清兵入关后，建立起八旗常备兵制，仍严格实行按民族分别编制的原则，则满州、蒙古、汉军各为八旗，兵额总数约为二十二万余人。八旗兵以满州八旗为基干，采取世袭兵制，在年十六岁以上的八旗子弟中挑补旗兵。满、蒙、汉八旗，每旗各设都统（满语称固山额真）一人，副都统（满语称梅勒章京）二人；所属骁骑参领（满语称甲喇章京），满洲、汉军每旗各五人，蒙古每旗二人。镶黄、正黄、正白为上三旗，其兵丁负责保卫宫廷；镶白、正红、镶红、正蓝、镶黄为下五旗。行军巡狩以上三旗和正蓝共四旗居左为左翼，其余四旗居右为右翼。
顺治元年（1644），清兵略仿明制，制定了内外文武官制。设翰林院，置汉掌院学士一人，侍读、侍讲学士各二人。改部院左右参政为左右侍郎。改理事官为郎中，付理事官为员外郎。
顺治和历代统治者一样，也把儒家思想奉为正统，极力提倡尊孔读经。顺治元年（1644）六月十六日，清廷遣官祭先师孔子，是为入关后的首次祭孔。顺治于定鼎登基礼的第二天，即在十月初一日，便以孔子六十五代孙孔允植仍袭封衍圣公，兼太子太傅；孔允钰等仍袭五经博士。第二年的正月二十七日，改孔子牌为」大成至圣文宣先师孔子「。顺治十四年（1657）二月十六日，顺治又从吏科都给事中张文光奏请，将孔子牌仍改为至圣先师。
山东西部曹州一带的榆园农民军，原是一支坚强的反明起义队伍。顺治元年（1644）清军占领北京之后，榆园军在李化鲸等人的领导下转入抗清斗争，成为直鲁豫三省交界地区的抗清中心力量。李化鲸等人以濮州、范县（今河南范县）为基地，率军四出攻击清军，并奉明宗室忠义王为号召。反清队伍发展很快，人数达数十万。顺治四年（1647），榆园军还准备与河北农民军会师围攻大名，直逼北京。这时，降清后居住北京的刘泽清（南明福王政权江北四镇之一）也致书李化鲸，要为农民军作内应，事泄被清廷逮捕。清廷看到榆园军势力强大和河北危急，急调出征浙江的原明降将张存仁，总督直鲁豫三省军务，驻扎大名，集中力量剿杀榆园军。李化鲸等挥师山东，于顺治五年七月间连陷曹县、定陶、城武等地，并立天正年号，设官分部，封王、公、候，任命州县官。八月初一日，清廷调重兵围困曹县城。榆园军奋起抵抗，炮火轰天，矢石如雨，杀伤了大量清兵。清廷看到单靠武力围困不能迅速攻下曹县，便派河督杨方兴前往」抚慰「，九月十五日李化鲸等人出城与清军谈判时被生擒，十八日又被押解进京，十一月十二日与刘泽清并其弟、侄被清廷处死。李化鲸牺牲后，榆园军的抗清活动仍在鲁西地区进行着。
顺治元年（1644）五月，李自成率大顺军西撤后，山东衮、沂二州所属各县农民纷起抗清。山东嘉祥县满家洞农民军，就是其中著名而又突出的一支。满家洞界连嘉祥、金乡等四县，周围二三百里，有大小洞穴千余个。八月间，当地农民军领袖宫文彩，自称擎天王，拥众二万余人竖旗抗击清军南下，旗帜上大书」大顺「年号，公开表示追随李自成领导的大顺农民军。他们以满家洞为根据地，联合周围的农民军，经常出鬼没地打击清军。清廷获知消息后，即派济宁道朱国治率军前往镇压。朱国治等人剿抚兼施，多次派人宣谕诏安，起义军虚与周旋，实则摆列火炮、枪刀与清军」相角「。次年初，肃亲王豪格亲自坐镇济宁，调动满兵、乡兵约六千余人围困满家洞，宫文彩等二十余人被诱斩。后来，豪格离任回京。六月，清军在河道总督杨方兴的指挥下，大肆进行烧杀，切断水源，堵塞二百五十一个山洞，农民军将士大多自缢身亡，宁死不屈。至此，满家洞农民军的抗清斗争才宣告结束。
弘光政权建立后，弘光帝本人在过着逐酒征歌、荒淫无耻生活的同时，深恐有人夺取他的皇帝宝座，于是发生了南渡三疑案。一是大悲狱案。大悲是安徽人，父亲姓朱。早年在苏州出家为僧时，与潞王常淓相遇，认做本家。顺治元年冬天，他从苏州来到南京，自称定王，因」国变出家「，法号大悲。并在刑部审讯时高叫：潞王贤明，应为天子，弘光应该让位。最后被弘光帝斩首。二是皇妃童氏案。弘光帝在明崇祯十四年（1641）初李自成农民军攻破洛阳后，逃到开封，与周王府宫人童氏一见钟情，封她为妃，不久两人在荒乱中散失。弘光帝即位后，童氏前去投奔，弘光帝毫不眷恋恩爱之情，拒绝见面，并将其下狱。童氏呼天大哭，大骂弘光：」这短命人，少不得死我眼前。「并将一封细书其入宫日月、相离情事的信，求狱官转交。岂知弘光接信后竟弃之不看，口喊：」吾不认得妖妇，速速严讯！「结果童氏被饿死。三是伪太子案。崇祯太子朱慈烺在李自成退出北京后，散失民间，久无消息，忽于顺治二年二月来到南京。弘光群臣在审讯真伪时，有说此人是故明驸马都尉王昺侄孙，被教诈冒东宫。弘光深恐他是真太子，夺自己帝位，但又慑于舆论，只得下诏旨说，暂交人护养，勿骤加刑，待天下百姓均明真相后再申以法律。弘光政权有此三案，弄得人心浮动，有人怀疑弘光帝也是假冒出来的，这更进一步加深了统治集团的矛盾。
顺治元年（1644）十月初十日，顺治在皇极门向全国颁发即位诏书，提出了」合行条例「凡五十五款。主要内容有：加封亲王宗至及满洲开国功臣；察叙满洲将领及入关后降顺之文武官绅；减免刑法，加恤出征兵丁；地亩钱粮俱照明朝会计录原额，自顺治元年五月初一起征；蠲免加征之辽饷、新饷、练饷等项，以及清兵经过地方之钱粮；保护明朝及历代帝王陵寝；征聘隐逸山林中有才华者；叙用不贪赃枉法之明朝降谪官员，禄养或叙用归顺之明朝宗室、勋臣及其子弟；禁火耗、重科加罚、巧取民财；蠲免若干种折色银、本色钱粮；对山陕」被流寇要挟，今悔过自新「的军民，予以赦宥；禁重利放债、折准房地，等。
顺治元年（1644）十月十七日，清兵制定了岁给诸王以下俸禄：摄政王每年俸银三万两，辅政王一万五千两，亲王一万两，郡王五千两，贝勒二千五百两，贝子一千二百五十两，公六百二十五两。顺治三年（1646）二月初二日，减摄政王俸银一万两。顺治七年更定王以下官员俸银为：和硕亲王一万两，郡王四千两，贝勒二千两，贝子一千两，宗室公五百两，一二三等公俱一百两，二三等伯俱九十两，二三等镇国将军、三等精尼哈番俱八十两，一三等阿思哈尼哈番俱七十两，一三等阿达哈哈番俱六十两，二等拜他喇布勒哈番四十两，以次至骁骑校、护军校、他赤哈哈番各二十五两。顺治七年（1650）正月十九日，清廷又定王以下官员每年支给俸米数；和硕亲王六千石，郡王二千石，贝勒一千四百石，贝子八百石，宗室公六百石。公以下各有差，最低者骁骑校、护军校等各三十石。
