从15世纪下半叶开始，欧洲的资本主义经济开始发展，这需要有一个统一的国内市场和强大的政府作为自己发展经济的后盾，但德意志境内分布的大大小小各行其是的独立力量严重阻碍了经济的发展。龙腾小说 Ltxsfb.com当时的教会也日益腐化，当欧洲各国纷纷建立中央集权政府抵制腐化的教会时，教会仍利用德意志的分裂进行掠夺。据统计，在16世纪初，每年从德意志流入教会的财富为30万金币，而当时的德意志税收只有1?4万金币，德意志成了“教皇的奶牛”，这招致了广泛的反对。当时全德意志约有1/3的土地属于教会财产，这是各路诸侯不能容忍的。
1517年，教会大力推行赎罪券，宣称只要买赎罪券的钱币落入钱箱时叮当一响，其已死亲属的灵魂马上就从炼狱飞升天堂。这种说法与维腾堡大学神学教授马丁?路德从《圣经》中所得出的理论完全相反。1517年11月1日晨，马丁?路德将著名的《九十五条论纲》贴在了维腾堡教堂的大门上。由于印刷术的帮助，《九十五条论纲》迅速传播，被译成多种文字，一个月之中就传遍了整个欧洲。形势的发展使原本对《九十五条论纲》不屑一顾的教皇利奥十世不得不重视起来。1519年3月，经过谈判，马丁?路德写信向教皇请罪，并呼吁德意志各阶层忠于罗马教会。尽管路德作了让步，但教会中的强硬派不肯罢休，他们派出了著名神学家约翰?艾克与路德辩论，结果路德输了。1520年，教皇驻德使节宣布将路德开除教籍,当众焚毁其著作。教皇于6月15日勒令马丁?路德放弃自己的观点，于是路德被迫与教会决裂。
面对宗教改革，此时的德意志政治舞台上出现了三派势力：一是反对宗教改革的保守派；一是主张建立摆脱罗马教会控制的国家教会的温和改革派；一是主张变革整个社会制度的激进改革派。查理五世出于正统的天主教观念，支持保守派。但由于意大利战争的拖累以及不愿意得罪温和派势力，所以他采取了一种比较温和的方式对待马丁?路德。1521年4月18日，在沃尔姆斯帝国会议上威吓马丁?路德失败后的第二天，虽然查理五世发表声明说“朕决心用朕之王国和领土,朕之朋友,朕之身躯,朕之鲜血,朕之生命及朕之心灵来捍卫它(天主教信仰)”，表明了自己坚定的保守派思想。但他其实是在马丁?路德离开沃尔姆斯后才下逮捕令的，后来马丁?路德被支持宗教改革的选侯菲特烈派人以绑架的形式保护下来。5月6日，帝国会议发布了《沃尔姆斯敕令》，宣布马丁?路德为异端，并在帝国境内逮捕马丁?路德及其支持者。这只不过是一纸空文罢了。
1531年，新教徒们组织了一个斯玛卡德同盟，来反对查理五世和天主教诸侯，天主教诸侯则针锋相对地组织了一个纽伦堡同盟。1535年，为了镇压农民起义，力量不足的旧教徒旧教徒指支持罗马教会的诸侯，后文中的新教徒指支持路德派的诸侯。不得不寻求新教徒的帮助，新教徒趁机扩大势力。1536年，纽伦堡联盟瓦解，一些旧教诸侯也倒向新教徒。与此同时，英国和北欧诸国纷纷建立国家教会，脱离罗马教廷。原本信奉旧教的法国国王佛朗西斯一世为了对抗查理五世也转而支持新教徒。1540年，为了扭转局势，查理五世提出新旧教诸侯进行谈判，探讨建立德国教会的可能性。在谈判破裂后，1546年，查理五世决定动用武力来打败新教徒。在作战中，不顾自己痛风的毛病，他骑在一匹大黑马上达21个小时，而且始终冲在前面。1550年，他颁布《血腥诏令》，宣布镇压新教，恢复旧教的统治。这个明显抬高世俗皇权的诏令引起了教皇和所有诸侯的不安，他们结成同盟共同反对查理五世。1552年查理五世被打败。1555年，双方缔结《奥格斯堡和约》，承认路德派的合法地位，并确立了“教随国定”的原则，承认各诸侯拥有决定其臣民宗教信仰的权利。德国的宗教改革在其他国家引起了连锁反应，欧洲各国相继爆发了反对罗马教廷的宗教改革运动，派生出许多脱离罗马教廷的新教派，如路德宗、加尔文宗、安立甘宗等。宗教改革取得了成功，这其实是以宗教改革的形式揭开了资产阶级革命的序幕。查理梦寐以求的帝国境内的宗教统一变成了泡影，德意志不仅没有统一反而更分裂了。1556年查理五世退位,皇位传给他的弟弟斐迪南,统治着德意志帝国,包括奥地利及其领地捷克和部分匈牙利;他的儿子菲利浦则统治西班牙、尼德兰和海外领地。查理帝国分解,形成哈布斯堡王室的两个统治支系。
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