第一，业务与核算脱节
前面讲的“三角债”的案例说过，企业实际收入是1700多万，但是账上能确认的收入和支出只有470万。核算是核算，业务是业务，这可能导致业务的发展超前或滞后于核算，业务与核算严重脱节。
第二，账目不健全
有些一般纳税人，尤其是小型的商贸企业，不重视库存商品明细账的建立，但税务部门在稽查的时候，不光是查总账和其附带的报表，肯定还会查明细账，因为这个环节最能发现问题。就一般纳税人而言，账目不健全会引起税务机关重点观注的。
账、表、凭证不相符。会计基本原则要求账账相符、账实相符、账表相符，但是很多企业账、表、凭证都不相符，凭证上面是一个数，表是一个数，账是另一个数。
核算的原则前后不一致。即使在做到了账表相符的企业中，有很多在核算原则上前后不一致。有些企业用毛利率法进行核算，比如说一开始毛利率是15％，可是核算完了，到季度申报的时候，企业发现账上有利润了，又觉得15％太高了，于是把毛利率降低，比如降到10％。毛利率降到了10％之后，成本从原来占价格的85％上升到90％，利润就降低了，应交的所得税就减少了。这违反了会计核算原则中的一贯性原则，也会导致账目不规范。税务部门来查企业所得税的时候，如果发现毛利率从年初的15%降到了第一季度的10%，就会要求企业立即进行调整。从税务部门来看，如果企业改变了核算方式，就意味着成本、利润和所得税的改变，所以说在核算原则上，不能前后不一致，这是财务人员在核算当中应该注意的。
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