后来，秦始皇又派出大军五十万人，平定南方，添设了三个郡；第二年，蒙恬打败了匈奴，又添了一个郡。这样，全国总共有四十个郡。
公元前213年，秦始皇因为开辟了国土，在咸阳宫里举行了一个庆祝宴会，许多大臣都赞颂秦始皇统一国家的功绩。博士淳于越却重新提出分封制度不能废除，他认为不按照古代的规矩办事是行不通的。
这时候，李斯已经做了丞相。秦始皇要听听他的意见。
李斯说：“现在天下已经安定，法令统一。但是有一批读书人不学现在，却去学古代，对国家大事乱发议论，在百姓中制造混乱。如果不加禁止，会影响朝廷的威信。”
秦始皇采用了李斯的主张，立刻下了一道命令：除了医药、种树等书籍以外，凡是有私藏《诗》、《书》、百家言论的书籍，一概交出来烧掉；谁要是再私下谈论这类书，办死罪；
谁要是拿古代的制度来批评现在，满门抄斩。
第二年，有两个方士（一种用求神仙、炼仙丹骗钱的人）叫做卢生、侯生，在背后议论秦始皇的不是。秦始皇得知这个情况，派人去抓他们，他们早已逃跑了。
秦始皇大为恼火，再一查，又发现咸阳有一些儒生也一起议论过他。秦始皇把那些儒生抓来审问。儒生经不起拷打，又东拉西扯地供出一大批人来。秦始皇下令，把那些犯禁严重的四百六十多个儒生都埋了，其余犯禁的就流放到边境去。
这就是历史上所说的“焚书坑儒”事件。
秦始皇正在火头上，大臣们谁也不敢劝他。他的大儿子扶苏认为这样处置儒生太严厉，劝谏他不要这样做。这一来，触怒了秦始皇，命令扶苏离开咸阳，到北方去和蒙恬一起守边疆。
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