每卫军设大将军两名，各以正副职任之，每卫设置如下：十二人为一伙，设伙长一人，副伙长一人；五伙为一队，共六十人，设队正一名，副队正一名；五队为一营，每营共三百人，设校尉两人，以正副领之；五营为一团，共一千五百人，设中郎将一名，左右郎将各一名；五团为一师，每师另设一火器营，人员编制为五百人，共计八千人，将军一名，左右中郎将两名以副职任之；五师为一卫军。
各卫军大将军为正三品衔，将军为从三品，中郎将为正四品下，郎将正五品上，校尉正六品上，队正正七品上，副队正正七品下
每卫军另设长史一人，从六品上，掌判诸曹、军团之名数，器械、车马之多少。
各师设录事参军事两人，掌军中事务记录；仓曹参军事三人，掌管各师辎重、器械、医药之事；兵曹参军事三人，行军法官之职；骑曹参军事两人，掌管军中马匹；胄曹参军事两人，掌管甲胄；另再一个侍卫队，负责保护中军和帅帐。
每军卫约四万三千余人，战斗人员四万人，比之原一卫常备人数规模大了数倍。
同时宣布开始组建的特卫军、左卫军和右卫军大将军人选，以李业诩和契苾何力为第一卫军(特卫军)大将军，李业诩为正职，契苾何力为副；段志玄和执失思力为第二卫军(左卫军)大将军，段志玄为正，执失思力为副；张士贵、阿史那社尔为第三卫军(右卫军)大将军，张士贵为正，阿史那社尔为副，这三部所领的原部众，全部混编入新设的卫军中。
契苾何力、执失思力、阿史那社尔手下原先多次征战的士兵，也全部被混编于各卫军中，并让他们三个成为卫军的副手，这三个部每部族人不过数万，编入军中的也只有数千人。
李世民是听从李业诩的建议才如此做的，以李业诩的说的，将这归降的几部青壮年，皆入我大唐军中，在经过严酷的训练和洗脑后，成为我大唐军士。
这样做的结果，这几部原先的士兵都逐步地成为大唐的将士，几部族名称也不再有，他们所领的部落名将消失在历史的烟云中，族人彻底成为大唐子民。
李业诩敢在李世民面前如此提议，那还是以他对历史上这三名胡将所了解的忠诚度作保证，而李世民会同意，是因为这些年这几位胡将在作战中优秀的表现让他消除疑虑。
各卫军中下属各师的将军人选还未最终确定，但特卫军中第一、第二近卫师已经有了明确的人选，分别为苏定芳、郑仁泰。
从李世民给兵部的行文中李业诩看到，待任各师将军人选中有一些熟悉的 ，也有许多陌生的名字，公孙武达、独孤彦云、杜君绰、李孟尝等几位也在此次被封为各卫将军，这些人李业诩都不相熟。
经过一番了解，李业诩知道，这几人都是玄武门兵变时李世民身边的勇士，与尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、郑仁泰一道被称为玄武门九将，只是这几人与郑仁泰的结果差不多，因此前并无多少战功，在军中也一直处于中下级军官的层次，这次李世民启用这些人来担任新设置卫军实际领兵的将军一职，足见皇帝对诸卫军相当重视，同时也抱着一份戒防心理。
毕竟这是数万人的卫军，而且屯于长安城外，李世民肯定要派最信任的将领担任主要职务，从而将这几支卫军牢牢地抓在自己手上。
与各师将军比起来，各卫军大将军只是总理军务，并不直接掌管军队，甚至在战时并不一定指挥这支卫军，从一定程度上来讲，大将军职还是虚职。
诏令中也宣布了各卫军的防区，特卫的驻防地从洛阳到长安外，除第一师驻在原来的大营外，其余各师驻地分散，散布在方圆近六百里地；右卫军的驻地为长安西南至终南山远一带；左卫军驻防地为长安北。这三卫作为拱卫京师之军卫，在长安四周交叉驻防，许多防区都重叠，要从对方防区过，必须要有皇帝和兵部的军令。
各卫军中的军饷和物资，京军通过户部直接划拨，边军由户部通过各州府发放，月俸分等发给，年节有赏，大典有赐，行军另有行装钱。
这样各边军与地方互不统属，州官管有军资手上无兵，军队有兵但钱粮都要经过州府。
边军的编制与京军略有不同，卫军与大都护府或者大都督府是同一个班子，按地域设置都督府、镇、戍、关等，派驻一定的士兵守卫，都督府相当于师的编制。
同时扩建大唐水师，建造战舰，训练水军士兵。
还有一个最重要的变化，那就是加强对入伍士兵的思想教育，这方面由李业诩以兵部侍郎的职负责，他自有培训情报人员的经验。
在皇帝正式任命诸卫军大将军及各师将军人选后，各卫军即开始运作，各军军营都已经在年后开始建设，在募兵时候能完成。
秋收后开始招募士兵，募集兵员的要求为大唐境内年满十七岁到三十岁的男子，服役期为五年，要求体格健壮。所募集的兵员，待遇如同以往特卫所募兵一样优厚，服役期满后，可以自愿选择留下还是退役，若有立下战功得到升迁者，退役的年限也跟着延长。
募兵结束后，各卫军将以最新编制的训练大纲，在各自军营内开始训练。
