留都南京的六部有司衙门大多在东林党的手中，加之复社声势浩大，声援东林，可以说南京是东林党的大本营。但是东林党早年在争国本时反对福王继承大统，所以对于朱由崧即位极为反对，朱由崧为朱常洵长子，身在南京附近的淮安，因此在崇祯太子及定、永二王无法至南京继位的情况下，福王本为第一顺位。然而东林党人却持相反意见，以东林领袖钱谦益为首，以立贤为名，主张立明神宗之侄潞王朱常淓。在血统上和礼法次序上潞王不占据优势地位，那么，东林的官员们就要给自己的行为找到合理合法的依据了。
首先在籍礼部侍郎钱谦益、丁忧山东佥事雷縯祚游说兵部侍郎吕大器说：“潞王，穆宗之孙，昭穆不远，贤明可立。福恭王觊觎大位，几酿大祸，若立其子，势将修衅三案，视吾辈俎上肉。”说的意思还是担心如果让福王登上大位，害怕他会算旧帐，搞报复，而这些朝臣都会成为牺牲品。在雷縯祚及礼部郎中周镳的往来游说、沟通下，吕大器和右都御史张慎言及詹事姜曰广等南京朝臣都同意立潞王。在南京部分朝臣取得共识后，他们致书驻军浦口的史可法，陈述潞王贤明当立，而福王“有不孝、虐下、干预有司、不读书、贪、淫、酗酒七不可立。”获得了史可法的赞同。
史可法称福王“在藩不忠不孝，恐难主天下”。
其实，之所以东林为首的南京大臣们不愿意立朱由崧为帝的原因并不是他们所谓的福王由崧品行恶劣，不足以君临天下。这个借口早在一千多年前霍光就已经用得烂了。
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