搜讨科——统辖所属各股掌管各省官兵总数暨军训、典礼、征募等事。
制度股——分管编拟军制，考订军规、军仪、军礼、军服，遇有军事筹计应增官弁所需战备各件，核定名色数目，移知军需拨发，并行军应行雇凭民间车马房屋等事。凡学堂与本司关涉事件，亦归本股经理。
步队股——分管各省军队步队数目暨关涉步队一切事务，并会议事件遇有战备筹计征募步队数目，事后分别遣散归入续备，兼管军乐队事务。
炮队股——分管各省炮队数目暨关涉会议征募分遣等事。
马队股——分管各省马队数目暨关涉会议，征募分遣等事，平时考查马匹，临事筹计挑选，或租赁民马，核定喂养卫生各法，兼管辎重队事务。
工队股——分管各省工队数目暨关涉会议征募分遣等事。
粮饷科——统辖所属各股，掌管会计出入，筹备军饷、军需、建造等事。
支发股——分管核放各军薪饷，似定发饷章程，预计来年应支饷项总数，预储战备用款，复核各饷局报销兼管会计学堂等事。
军需股——分管筹备粮草暨核发官兵服用衣履各项杂件。
建造股——分管各军驻扎应用地址，考查建造营垒房舍，核发营队应用帐篷暨杂项器具等事。
医务科——掌管拟定各军医学堂、卫生防疫、疗病治伤各办法暨升隆医官、选调兽医、筹备药料，凡关涉医务各事，随由本科随时考查。
军法科——掌管拟定军律，考查各军执法处审办案件并军狱办法，记过注册等事。
器械科——掌管考查得处制造局筹备军械等事。
军令司的职能更是明确，其司下辖运筹科、测绘科、向导科、储材诸科。开设讲武堂，培养军官。抽选各军有材有素之士担任参谋赞画。有鉴于大明内忧外患之局，运筹科再分数处，分别研习对战东奴，海贼，流寇，山匪诸贼方略。
运筹科——掌管筹备设防，参赞方略，遇有战备，筹计分配军队，救国调官弁兵丁暨各处各国紧要探报，并拟办维和各文牍等事。
向导科——掌管陆路、水路、轮船、铁道、电线，平时详细考查行军相度指划凡关涉兵路运道事宜均归本科筹计。
测绘科——掌管测绘地势，勘察各处要害，沿海沿江各炮台暨修改中外舆图并刊印等事。
储材科——掌管高等学堂作养将领暨谋略人才，并撰译机密兵法战略等事。
军学司相比起军政司、军令司来，似乎简单了许多，但是仔细看来，事情更多：
编译科——管理编撰操典、兵法、战史暨翻译各国兵书、地志等事。
训练科——掌管拟定各兵种，画一操法，考查各军兵马是否合格，器械是否适用，教练各法是否一律，并有无进益暨步炮马队各项战法、工辎队各项用法若干程度，随时核定分数，呈请分别惩办。
教育科——掌管拟定各项武备学堂章程办法暨考查教育各法是否一律，有无进益，并选派学生出洋游学各事。
水师科——掌管各省兵轮炮船数目，官兵名数，并考查兵轮情形，依次筹划，设法整顿，随时呈请酌量施行。
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莫钰足足念了小半个时辰才念完，只念得口角满是白沫，众人听得如醉如痴。照主公的这个方略执行的话，不但不太可能形成藩镇、山头，只怕将领打算反水，都会立刻被部下绑送军法处。
“日后想花一文钱都得经理人员批准才可以了！“有人心中叫苦不迭。
“主公，方才听了这纪要之中所说，各镇各部日后若是补充兵马，须得经军政司批复，方得可行。那，属下不知，这预备兵马归何处管辖？由谁人统领？“
“各处的预备兵马，同着军政司等衙门一样，都是直接归本公直属！由本公统帅！听明白了没有？！“(未完待续)
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